Hola
Templo Kaori,
Quizás ocultaste la barra de marcadores por equivocación, para mostrarla en Chrome para Windows/Linux presiona Ctrl+Shift+B, en Mac OS presiona cmd+shift+B y aparecerá la barra de marcadores.
Prueba esto y me comentas, ya que es muy raro que se borren los marcadores solos, solo ocurre esto si se desinstala el navegador y aun así sincronizando tus marcadores guardados con la cuenta de Google aparecerían nuevamente.
PD: si tienes smartphone con Chrome, checa que en el navegador puedas ver perfectamente los marcadores sincronizados para descartar que han sido eliminados de los marcadores sincronizados.
Cualquier duda o problema, no dudes en continuar el hilo ;)