Pues bien, ahora acabo de actualizar Chrome a la versión 49 y probé de nuevo poner el tema de contraste alto confirmando la misma incidencia que tenéis presentado tú.
Por lo tanto, todo indica que la incidencia en cuestión se trata de un fallo presentado en la ultima actualización de Chrome a la versión 49. Aunque, por ahora, el status de detección del fallo aún esté cómo "Unconfirmed" (No confirmado), el equipo de desarrolladores ya está a par de la situación y pronto saldrán un parche para solventarlo.
Además, lo que puedes hacer para que mantenerse apunto del proceso de corrección del fallo es asignarse a la incidencia haciendo clic en la estrellita ☆ , desde la página de Chromium Issues donde el fallo fue reportado. Con esto, recibirás notificaciones por correo a cada actualización de la página.
¡Un saludo!