Hola Rubén!
El cambio que mencionas existe desde hace varias versiones ya (¿Te habías olvidado de actualizar Chrome hace un tiempo? :P)
No puedo hablar por el equipo de planificación de Chrome porque no tengo ni la más pálida idea de lo que piensan, pero si te puedo decir que es un cambio de paradigma.
Es verdad, Chrome tiene algunas configuraciones menos (No todas que mencionas, luego hablaremos un poco más de eso), pero ahora, los desarrolladores se preocupan de que el navegador pueda hacer una cosa bien, navegar, si quieres agregar o editar funcionalidades, puedes usar los miles de plugins o temas que hay para chrome en el store.
Sobre las páginas más visitadas en la nueva pestaña
No solemos recomendar extensiones desde acá, no nos gusta recomendar cosa que no probamos exhaustivamente antes, sin embargo te puedo asegurar que hay muchísimas que cumplen con eso que pides, ocultar las webs más visitadas ;)
Sobre lo de elegir donde "caen" las descargas
No se que navegador estarás usando, pero si entras a chrome://settings/downloads puedes elegir la carpeta por default o si quieres que te pregunte donde descargar los archivos antes de hacerlo.
Sobre otros temas
Si quieres enviar sugerencias al equipo de desarrollo:
Un Saludo.
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