Estimado, esa ventanita de configuración de LAN no es de Chrome, es de Windows. Es decir, Chrome te lleva a ella, pero es una ventana del sistema operativo. Podés acceder a la misma desde Internet Explorer, o desde el Panel de Control.
Aclarado que no es un problema de Chrome sino de Windows, es muy lógico y muy común que tengas que tocar ese tilde para navegar (con cualquier navegador).
Ahoar bien, si vos le quitás el tilde al proxy tenés que averiguar por qué el tilde vuelve a aparecer por sí solo. Eso tiene que ver con la configuración de conexión a Internet de tu proveedor. Pero también sugiero buscar si no tenés algún malware.