Estimado, interpreto que querés que al descargar con Chrome un archivo .torrent, o un magnet URI, se abra la aplicación uTorrent.
La asociación entre aplicaciones y extensiones de archivos se realiza en Windows, no en Chrome. Una manera es ir a Ares y asegurarse que no asocie esas extensiones automáticamente, y luego a torrent y asegurarse de que sí las asocie.