Tengo el mismo problema. Por mucho que activo la pestaña de establecer páginas de inicio, al cerrar y volver a abrir, me sale la ventana de "nueva pestaña". Al comprobar la configuración, sigue seleccionada la opción de abrir páginas de incio establecidas. Probé desinstalando todas las extensiones, borrando el historial completo y reinstalando Chrome desde cero. Y el problema sigue persistiendo.
Mi sistema operativo es Windows vista.
El problema empezó un día que Chrome me dio el error de "no se puede cargar tu configuración personal", el cual arreglé, reiniciando y volviendo a iniciar sesión en Chrome (donde tenía guardada toda mi configuración, icnluyendo las páginas de inicio)
Un saludo.