Es un tema de
webkit. Básicamente, así es como Microsoft recomienda que se abran las ventanas en Windows. Pasa con la mayoría de las aplicaciones de Windows.
En general, la posición de la ventana restaurada se "memoriza" cuando se cierra la aplicación. Es decir que recién cuando cerrás la última ventana de Chrome (o de Word) se graba su posición. No importa que la ventana que se cierra esté maximizada, porque en sus variables tiene las coordenadas de la ventana "restaurada".
Con esto quiero responder a tu "¿por qué?". Ahora bien, coincido en que es molesto, y es una buena sugerencia cambiar este comportamiento.