Hola,
Efectivamente algunos son simplemente accesos directos a la aplicación web. Pero no siempre es así, y algún nombre han de tener creo yo.
Es innecesario poner nombre diferente o hacer dos categorías diferentes, una que sea aplicación y otro accesos directos.
De todas formas esos accesos directos tienen su función, precisamente como acceso directo.
Con la nueva "pestaña nueva" podemos poner los iconos a nuestras aplicaciones web preferidas. Así evitamos usar marcadores y tenemos iconos que son algo más visual.
Eso tiene más importancia en Chrome OS.
Un saludo.