Si tienes alguna extensión que trabaje con las ventanas o con los propios marcadores, el malfuncionamiento de la misma puede ser la causa de tu problema.
Échale un vistazo a este hilo.
En %appdata% en la ruta que te indica se encuentra el archivo con los marcadores. Si lo que deseas es borrarlo (cosa que no te aconsejo sin haber hecho copia de seguridad previamente) sólo tienes que eliminar el archivo de la ruta.
Esa es la forma mas "hard" vamos a decir de eliminar los marcadores.
Si pese a borrarlos desde ahí te vuelven a aparecer avísame y hacemos un examen mas exhaustivo de tus extensiones.
¡Saludos! =)
