lo mismo me sucede. Hoy me comunique con alguien de la web del diario La Nación y me dijeron que el proveedor de los banners que ellos tienen, que aparentemente es el mismo de clarín y otros diarios, está trabajando en una solución y que cuando la encuentre quedó en informarme como hacer, espero cumpla. Me explicó que chrome, en la última actualización, amplió los parámetros de seguridad y eso genera los conflictos con java y swf. Es decir, por lo que deduzco, las soluciones vendrán desde cada sitio y no desde google.
saludos