Hola, con
ctrl+H podés abrir la ventana del historial y borrar lo que quieras.
Hay una extensión en Web Chrome Store, que se llama History Eliminator, que te mantiene el historial vacío.
Finalmente, si querés navegar sin que se registren tus páginas en el historial, usá el Modo Incógnito, con ctrl+mayús+N
