Vaya... muchas preguntas.
* Si formateas y no tienes respaldos, pierdes la información que poseías, sin importar si es de Google Chrome u otro programa. Para "no perder nada" de Chrome, podrías sincronizar tus marcadores y formatear sin problemas, pero perderías las cookies y completado de formularios. Podrías probar con
http://www.parhelia-tools.com/products/gcb/googlechrome.aspx (Google Chrome Backup), pero no garantizo su éxito.
* Si instalas Chrome, obviamente puedes prescindir de IE, pero no sé si permite su desinstalación (al menos en mi país no lo he visto), pero si le puedes ocultar y dejar por defecto Chrome.
Saludos