Para poderse bajar archivos pdf directamente:
Para inhabilitar el visor integrado, introduce about:plugins en la barra de direcciones y haz clic en Inhabilitar debajo de la entrada "Visor PDF de Chrome". Si tienes instalado el complemento de Adobe Reader, se habilitará automáticamente."
Acabo de inhabilitar ese plugin, actualicé la página donde estaba el pdf que me interesaba y sí... apareció la barra de herramientas que conocemos con firefox y explorer; ya pude guardar el pdf directamente.