Estimado, yo no conozco al detalle las verificaciones que hace Chrome, pero me da toda la impresión de que lleva a cabo los pasos estándares. Windows también hace verificaciones estándares antes de abrir un ejecutable.
¿Está firmado tu archivo? ¿Tenés un certificado válido? Yo supongo que sí, porque es algo que hacen prácticamente todos los distribuidores de software, pero no quiero asumir nada, por eso te pido que me confirmes.
Conste que todavía no nos metimos con Chrome, solamente estoy relevando datos generales.