Bueno al final he conseguido solucionarlo buscando por internet. No he conseguido recuperarlos de la nube pero SI de una copia anterior de Windows, que afortunadamente este hace de todos los archivos. Y gracias a windows y no a google, asi que un 10 a Microsoft y un 0 patatero a Google.
Lo explico por si alguien tiene el mismo problema ya que no lo he encontrado por aqui sino en paginas en ingles.
Una solucion que habia encontrado era la de buscar los archivos bookmarks y boomarks.bak y llevar el contenido del segundo al primero. El problema es que esto solo funciona si no has cerrado Chrome desde el momento en que has perdido los marcadores, porque al hacerlo y abrirlo de nuevo en el archivo de copia se guardan los ultimos que habia, y no los que estas intentando recuperar.
https://productforums.google.com/forum/#!topic/chrome-es/3DG0hcYDmP0,
http://www.pcwebtips.com/2012/04/como-recuperar-mis-favoritos-borrados.html La solucion, como digo, nos la da Windows, dios le bendiga, y esta en lo siguiente:
http://www.computerworld.com/article/2864065/recovering-lost-bookmarks-in-chrome.html Este video la explica
https://www.youtube.com/watch?v=JBuwj0Hj4SY Consiste, para quien no sepa ingles, en
1. Cerrar el navegador Google Chrome y leer esto en Windows Explorer
2. En la barra de direccion de Windows Explorer introducir esta direccion
C:\Users\<Windows userid>\AppData\Local\Google\Chrome\ poniendo tu nombre de usuario en lugar de <windows userid> en mi caso quedaria asi
C:\Users\tomas\AppData\Local\Google\Chrome\
3.En User Data hacer click con el boton derecho e ir a Propiedades.
4.Pinchar la pestaña Versiones anteriores. Con suerte ahi tendras un listado de copias guardadas.
5. Elige una copia de seguridad de cuando tenias bien los marcadores o la mas antigua que veas. En mi caso solo funciono con la mas antigua. Lo hice un par de veces con algunas recientes, incluso anteriores a la perdida de los marcadores pero no funciono, en cambio si funciono cuando lo hice con la mas antigua. Me di cuenta de que estaba funcionando porque con las primeras la restauracion era casi instantanea, pero con la copia mas antigua tardo un rato, y me indico que estaba restaurando 3.367 elementos (¡mis marcadores perdidos!) y con un peso de casi 500MB.
6.Si todo va bien te indicara que la restauracion se ha hecho con exito.
7. Despues abre de nuevo google chrome, te dira que algo no fue bien y te indicara restaurar a una version anterior, no lo hagas, cierra esos avisos y si ha ido bien veras tus antiguos marcadores, o una mezcla de los antiguos con los nuevos, si añadiste alguno.
8. Sé mas PRUDENTE a partir de ahora y realiza una copia de seguridad de tus marcadores, y guardala tanto en el ordenador como en un dispositivo externo. Para hacerlo solo tienes que ir al boton de personalizacion y control de google chrome, arriba en la esquina derecha del navegador, ir a Marcadores, Administrador de Marcadores, Organizar y exportar marcadores a archivo HTML, dale click y guarda la copia de tus marcadores donde consideres.
He pasado 24 horas de infarto pensando que habia perdido todos mis marcadores por la insensatez de confiar en Google y su almacenamiento en la nube, que no me habia fallado hasta ahora y gracias a Microsoft los he podido recuperar, 3.367 marcadores, todos los guardados durante los ultimos 4 años. Gracias Microsoft.