¡Gracias por la pronta respuesta Víctor! :-)
Entonces, ten en cuenta que, al añadir nuevos marcadores en Chrome con la sincronización activa, estos NO reemplazaran los datos sincronizados anteriormente, es claro, si añades los nuevos marcadores de la manera habitual (haciendo clic en la estrellita :P) o importando desde una copia de seguridad exportada en el formato HTML.
Todavía, en tu caso, cómo comentas haber restablecido una copia antigua de los marcadores a través del archivo bookmarks, lo que podría suceder es que, ya teniendo la sincronización activa, al pegar el archivo bookmarks en la carpeta de usuario de Chrome y reemplazar el archivo anterior, la sincronización tenía actualizado la base de datos de marcadores con la información del archivo bookmarks añadido, consecuentemente eliminando la información acerca de los marcadores contenida en el archivo bookmarks reemplazado. Esto todo afirmo con base en la lógica, es claro que hay que comprobar todo a ver cual es el comportamiento mediante a tal situación.
Haré un prueba desde mi navegador y también consultaré otros colaboradores a ver si hay información acerca de una situación similar :-)
¡Pronto regreso con una respuesta fiable! ;)
¡Saludos!