Hola, no tiene nada que ver con el código de tus extensiones y aplicaciones. Es algo que falla en Chrome, posiblemente en tu perfil.
Chrome guarda la posición de los íconos en el archivo Preferences de tu perfil. Debería funcionar en situaciones normales, pero puede fallar si uno o un malware "manosea" el archivo o los permisos de las carpetas.
Por ejemplo, Chrome debería tener acceso de lectura y escritura a ese archivo.
Además de todo esto, Chrome actualiza los íconos periódicamente por si cambiaron, y a veces en ese momento no los consigue, y muestra una ícono genérico. No conozco manera de forzar la actualización. A mí me pasa que no todas las extensiones muestran su ícono en la página de extensiones.
Los motivos posibles son muchos, si querés empezar a probar, te sugiero crear un perfil nuevo.